Учебное пособие Часть III составитель: В. А. Смирнов, Ю. Н. Климочкин «утверждаю»
Скачать 431.94 Kb.
|
| ФЕДЕРАЛЬНОЕ АГЕНТСТВО ПО ОБРАЗОВАНИЮ ГОСУДАРСТВЕННОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧЕРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ПРОФЕССИОНАЛЬНОГО УЧРЕЖДЕНИЯ «САМАРСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ ТЕХНИЧЕСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ» Кафедра «Органическая химия» ФЕРМЕНТЫ Классификация и номенклатура Учебное пособие Часть III Составитель: В.А. Смирнов, Ю.Н. Климочкин «УТВЕРЖДАЮ» Проректор по учебной работе ________________М.А. Евдокимов «___»____________________2008 г. РАССМОТРЕНО: На заседании кафедры ________________Ю.Н. Климочкин Зав. кафедрой «___»____________________2008 г. Директор библиотеки ____________________С.А. Вельгер «___»____________________2008 г. ^ ФЕРМЕНТЫ Классификация и номенклатура Учебное пособие Часть III Самара Самарский государственный технический университет 2008  ^ ГОСУДАРСТВЕННОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ПРОФЕССИОНАЛЬНОГО ОБРАЗОВАНИЯ «Самарский государственный технический университет» ____________________________________________________________ ^ ФЕРМЕНТЫ Классификация и номенклатура Утверждено Редакционно-издательским советом университета в качестве учебного пособия Самара Самарский государственный технический университет 2008 УДК 571.1. + 577.1. Р е ц е н з е н т канд. мед. наук С. А. Т у м а к о в Ферменты. Классификация и номенклатура: учеб. пособ. Ч.III. / В.А. Смирнов, Ю.Н. Климочкин. – Самара. Самар. гос. техн. ун-т., 2008. – 42 с. Рассмотрены классификация и номенклатура ферментов. Приведены примеры построения систематических и тривиальных названий ферментов исходя из уравнений реакций и, наоборот, примеры написания реакций исходя из названия ферментов. Предназначено для студентов, обучающихся по специальностям 020101, 260202, 260204, 260401, 240901. © Смирнов В.А., Климочкин Ю.Н., 2008 © Самарский государственный технический университет, 2008 ВВЕДЕНИЕ В третьей части пособия рассмотрены ферменты их классификация и номенклатура. Ферменты входят в ассортимент современных лекарственных средств. Ферментативные реакции лежат в основе производства продуктов питания таких как вино, пиво, хлеб и хлебобулочные изделия и др. Производители пищевых продуктов все большее внимание уделяют вопросам целенаправленного применения ферментов в производстве пищевых продуктов. Как самостоятельная группа продуктов питания возникла группа биологически активных добавок (БАД) к пище. Эффективная разработка и совершенствование лекарственных средств немыслима без понимания биохимических процессов в организмах. В медицинской и фармацевтической практике применяются ферментные препараты. Производство полезных и доброкачественных продуктов питания включает вопросы использования и контроля качества ферментов Все это указывает на актуальность и необходимость изучения студентами ферментов в лабораторном практикуме по биохимии. Таким образом содержание данного пособия обусловлено спецификой деятельности специалистов в области фармацевтической химии и переработки пищевых продуктов. Целью настоящего учебного пособия является: 1. - ознакомить студентов с классификацией и номенклатурой ферментов. 2. - обучить их грамотному построению названий ферментов с одной стороны и написанию уравнений ферментативных реакций, опираясь на название фермента – другой. ^ 1.1. ОСНОВНЫЕ ПОНЯТИЯ О ФЕРМЕНТАХ И ФЕРМЕНТАТИВНЫХ РЕАКЦИЯХ Ферменты (энзимы) – это биокатализаторы, т.е. вещества биологического происхождения, ускоряющие химические реакции. Почти все ферменты являются белками. Известны также каталитически активные нуклеиновые кислоты – «рибозимы». Предполагают, что существующие рибозимы можно рассматривать как реликты раннего периода биохимической эволюции, когда белки еще не получили такого распространения и не приобрели такого значения, как в последующие периоды. Итак, подавляющее число ферментов это белки. Термин фермент происходит от греческого «fermentatio» (брожение). В каждой клетке протекают одновременно сотни химических реакций, совокупность которых носит название обмен веществ – метаболизм. Участвующие в обмене вещества называются метаболитами. Вне клетки почти все эти превращения протекали бы очень медленно и не направлено. Упорядоченная, согласованная последовательность реакций в клетка обеспечена собственным генетически заданным набором ферментов. Вещества, которые под действием ферментов подвергаются разнообразным химическим превращениям, называются субстратами. Ряд основных метаболических путей является общим для большинства клеток и организмов. Эти пути, в результате которых осуществляется синтез, разрушение и взаимопревращение наиболее важных метаболитов, а также накопление химической энергии, называются промежуточным метаболизмом. В связи с большой значимостью ферментов для обмена веществ и их значительным ассортиментом (в настоящее время известно более 2000 ферментов) учение о ферментах сформировалось в отдельную биохимическую дисциплину – энзимологию. Ферменты отличаются от химических катализаторов четырьмя характерными особенностями. Во-первых, они проявляют чрезвычайно высокую каталитическую активность. Например, янтарная кислота настолько инертна на воздухе, что ее обнаруживают в ископаемых отложениях. Однако добавление разбавленного тканевого экстракта, содержащего фермент сукцинатдегидрогеназу, приводит к быстрому окислению янтарной кислоты в фумаровую. Во-вторых, ферменты обладают высокой специфичностью, т.е. действие каждого фермента строго ограничено одним субстратом или несколькими, близкими по строению с одной стороны (субстратная специфичность), а также типом превращения (реакционная специфичность) с другой. Благодаря этому они ускоряют определенную реакцию, не влияя на скорость других. Высокая эффективность сложных многостадийных реакций обусловлена также тем, что в клетках существуют координированные полиферментные системы, локализованные на клеточных мембранах, благодаря которым процессы протекают чрезвычайно организованно в необходимом направлении и последовательности. Каждый фермент вызывает определенные изменения структуры молекулы субстрата, прежде чем она подвергнется действию следующего фермента. Если бы ферменты не обладали высокой специфичностью, то не происходило бы упорядоченного обмена веществ в живом организме, что привело бы его к гибели. В-третьих, круг реакций, катализируемых ферментами, необычайно широк, а именно: ферменты катализируют реакции гидролиза, поликонденсации, окисления-восстановления, дегидрирования, альдольной конденсации, реакции переноса различных групп и ряд других реакций. Все биологически значимые реакции в организме являются ферментативными. В-четвертых, активность самих ферментов в клетке строго регулируется. Скорость синтеза ферментов, а также их концентрация находятся под генетическим контролем и регулируются с помощью малых молекул. Эти малые молекулы часто являются субстратами или продуктами реакций, катализируемых теми же ферментами. Кроме того, ферменты могут существовать как в активной, так и в неактивной формах, причем скорость и степень их превращения в каждом конкретном случае зависит от свойств окружающей среды. Процесс биосинтеза самих ферментов также катализируется ферментами. Ферменты нашли широкое применение в различных отраслях промышленности (медицинской, фармацевтической, пищевой, химической, легкой) и сельском хозяйстве. Возникла ферментная промышленность, включающая в себя как получение высокоочищенных индивидуальных ферментов, так и их широкое использование. Ферментные препараты (в настоящее время несколько десятков) находят широкое применение в медицинской и фармацевтической практике для лечения заболеваний желудочно-кишечного тракта, заживления ран, рассасывания тромбов, лечения воспалительных процессов и в клинической диагностике различных заболеваний. ^ Вопрос рациональной классификации ферментов достаточно труден. Построить классификацию на основе химического строения, как это обычно принято в органической химии, невозможно, поскольку лишь для незначительной части ферментов установлено химическое строение. Кроме того ситуация осложняется тем, что для ферментов, являющихся сложными белками (см. часть I, стр. 67, 68), характерно существование изоферментов. Изоферменты – это ферменты, катализирующие одну и ту же реакцию, но отличающиеся друг от друга по строению и физико-химическим свойствам. Специфическим признаком, отличающим один фермент от другого, является лишь катализируемая ферментами химическая реакция. Этот классификационный признак и положен в основу систематической классификации ферментов, которая утверждена Комиссией по ферментам Международного биохимического союза (IUBМВ) в 1961 году. Вместе с этим продолжают применяться и тривиальные (рабочие) названия, которые, как правило, короче и поэтому более употребительны. ^ учитывает реакционную и субстратную специфичность ферментов. Все ферменты включены в «Каталог ферментов» под своим классификационным номером (КФ), состоящим из четырех цифр. Первая цифра КФ указывает на принадлежность фермента к одному из шести главных классов, в зависимости от типа реакции. Внутри каждого класса ферменты подразделяются на подклассы в зависимости от типа субстрата (вторая цифра КФ), а подклассы в свою очередь подразделяются на подподклассы в зависимости от типа кофермента, реагента или особенностей реакции (третья цифра КФ). Четвертая цифра указывает порядковый номер фермента в пределах данного подподкласса. Итак, все ферменты разделяют на следующие 6 классов в зависимости от типа реакции:
Внутри каждого класса ферменты разделяются на подклассы в зависимости от типа субстрата, с которым они взаимодействуют. Например, оксидоредуктазы (класс 1) подразделяют на подклассы в зависимости от типа субстрата, действующие на: 1.1. CH-OH группу доноров; 1.2. альдегидную или кетонную группу доноров; 1.3. CH-СH группу доноров; 1.4. CH-NH2 группу доноров; 1.5. CH-NН группу доноров; 1.6. НАДH или НАДФН в качестве доноров; 1.8. содержащие серу группы доноров; 1.9. гем-содержащие доноры; 1.10. дифенолы в качестве доноров; 1.11. пероксид водорода в качестве акцептора; 1.13. один донор с включением молекулярного кислорода; 1.14. два донора с включением молекулярного кислорода; 1.15. супероксидные радикалы в качестве акцептора; 1.17. СН2 группу доноров; 1.18. ферредоксин в качестве донора. Трансферазы (класс 2) разделяют на подклассы в зависимости от природы переносимой группы на переносящие: 2.1. одноуглеродные фрагменты; 2.2. альдегидные и кетоостатки; 2.3. ацильные группы; 2.4. гликозильные группы; 2.5. неметильные алкильные и арильные группы; 2.6. азотсодержащие группы; 2.7. фосфорсодержащие группы. Гидролазы (класс 3) делятся на подклассы по типу гидролизуемой связи на катализирующие гидролиз: 3.1. сложных эфиров; 3.2. О-гликозидов; 3.3. простых эфиров; 3.4. пептидов; 3.5. не пептидных азот-углеродных связей; 3.6. ангидридов кислот; 3.7. углерод-углеродных связей. Лиазы (класс 4) делят на подклассы в зависимости от природы разрываемой связи на: 4.1. углерод-углерод лиазы; 4.2. углерод-кислород лиазы; 4.3. углерод-азот лиазы; 4.4. углерод-сера лиазы; 4.5. фосфор-кислород лиазы. Изомеразы (синтазы) (класс 5) делятся по типу изомеризации на: 5.1. рацемазы и эпимеразы; 5.2. цис-транс изомеразы; 5.3. внутримолекулярные оксидоредуктазы; 5.4. внутримолекулярные трансферазы. Лигазы (синтетазы) (класс 6) в зависимости от типа образующейся связи делятся на катализирующие образование связи: 6.1. углерод-кислород; 6.2. углерод-сера; 6.3. углерод-азот; 6.4. углерод-углерод; 6.5. фосфор-кислород. Подклассы в свою очередь разделяют на подподклассы, детализирующие природу катализируемой реакции. ^ Правила, которыми руководствуются при установлении систематического названия фермента и его четырехзначного кода можно уяснить при рассмотрении конкретных примеров ферментативных реакций. Большинство официальных тривиальных названий, принятых в 1992 году IUBМВ, дает некоторую информацию о природе субстратов и характере катализируемых реакций. Такие названия ферментов обычно имеют окончание -«аза». Наряду с этим официально утверждены исторически сложившиеся названия, главным образом, для гидролаз, которые не подчиняются правилам построения ни систематических, ни тривиальных названий, например: ренин, трипсин, папаин и др. Рассмотрим ряд примеров построения названий ферментов разных классов.. ^ Структура систематического названия оксидоредуктаз такова: название субстрата – донора электронов (восстановителя): название акцептора электронов (окислителя) – название класса (оксидоредуктаза.). Таким образом, приступая к построению названия фермента необходимо:
Поскольку многие окислительно-восстановительные реакции обратимы, а прямую и обратную реакцию катализирует один и тот же фермент, то условлено, что в качестве субстрата для построения названия фермента выбирается метаболит, являющийся донором электронов, т.е. субстрат, подвергающийся окислению. ^ имеют следующую структуру: приставка - название субстрата, корень – название группы оксидоредуктаз. Наиболее распространенные группы оксидоредуктаз следующие: 1. Дегидрогеназы – оксидоредуктазы, катализирующие дегидрирование субстрата с использованием в качестве акцептора водорода любых молекул кроме кислорода. 2. Если перенос водорода от молекулы донора трудно доказуем, то такие оксидоредектазы называют редуктазами. 3. Оксидазы – оксидоредуктазы, катализирующие окисление субстратов с молекулярным кислородом в качестве акцептора электронов без включения кислорода в молекулу субстрата. 4. Монооксигеназы – оксидоредуктазы, катализирующие внедрение одного атома кислорода в молекулу субстрата с молекулярным кислородом в качестве донора кислорода. 5. Диоксигеназы – оксидоредуктазы, катализирующие внедрение 2 атомов кислорода в молекулу субстрата с молекулярным кислородом в качестве донора кислорода. 6. Пероксидазы – оксидоредуктазы, катализирующие реакции с пероксидом водорода в качестве акцептора электронов. Рассмотрим ряд примеров. 1). ^  В рассматриваемом примере донор электронов - лактат. Акцептором электронов, т.е. окислителем выступает НАД+.  Систематическое название фермента КФ 1.1.1.27. – лактат:НАД+-оксидоредуктаза, тривиальное – лактатдегидрогеназа. 2). Окисление глицеральдегид-3-фосфата до 1,3-дифосфоглицерата:  Фермент, катализирующий окисление глицеральдегид-3-фосфата в 1,3-дифосфоглицерат, имеет код КФ 1.2.1.12.  Систематическое название фермента КФ 1.2.1.12. – глицеральдегид-3-фосфат:НАД+-оксидоредуктаза, тривиальное - глицеральдегид-3-фосфат-дегидрогеназа. 3). Окислительное декарбоксилирование пирувата:  Фермент, катализирующий окислительное декарбоксилирование пирувата, имеет код КФ 1.2.4.1.  Систематическое название этого фермента – пируват:липоамид-оксидоредуктаза, тривиальное – пируватдегидрогеназа. 4). Восстановление сульфит-иона до сероводорода с помощью НАДФН:  Систематическое название этого фермента – сероводород:НАДФ+-оксидоредуктаза, тривиальное – сульфитредуктаза. 5). ^  Систематическое название этого фермента – β-D-глюкоза:кислород-оксидоредуктаза, тривиальное – глюкозооксидаза. 6). ^ например:  Кислород в молекуле пирувата появляется из молекулы воды после быстрого неферментативного гидролиза первоначально образующейся 2-имино-пропионовой кислоты. Систематическое название этого фермента – L-аланин:кислород-оксидоредуктаза, тривиальное – L-аланиноксидаза. 7). ^  Систематическое название фермента КФ 1.14.16.1.– фенилаланин-4: кислород-оксидоредуктаза-[тетрагидроптеридин], тривиальное – фенилаланин-4-монооксигеназа. 8). Гидроксилирование остатков пролина в проколлагене кислородом в присутствии аскорбиновой кислоты с включением одного атома кислорода в молекулу субстрата:  Систематическое название фермента КФ 1.14.11.2.– проколлагенпролин-4: кислород-оксидоредуктаза-[аскорбат], тривиальное – проколлагенпролин-4-монооксигеназа. Цифра 4 показывает к какому атому углерода пролинового кольца присоединяется гидроксильная группа. 9). Окисление цистеина кислородом с включением в молекулу цистеина обоих атомов кислорода:  Систематическое название фермента КФ 1.13.11.20.– цистеин:кислород-оксидоредуктаза, тривиальное – цистеиндиоксигеназа. 10). Окисление триптофана кислородом с включением обоих атомов кислорода в молекулу триптофана:  Систематическое название фермента КФ 1.13.11.11.– триптофан-2,3: кислород-оксидоредуктаза, тривиальное – триптофан-2,3-диоксигеназа. Цифры 2,3 указывают место разрыва связи С=С и присоединение атомов кислорода по месту ее разрыва. В заключение следует отметить ферменты, действующие на пероксид водорода и супероксидные радикалы в качестве акцепторов электронов. 11). ^  12). Диспропорционирование супероксидного радикала:  Эти ферменты не имеют систематических названий и называются соответственно: КФ 1.11.1.6. – каталаза и КФ 1.15.1.1. – супероксиддисмутаза. |
Добавить документ в свой блог или на сайт
Похожие:
 | Учебное пособие предназначено для выполнения лабораторных работ по дисциплине «Теоретические основы электротехники» студентами энергетических... | | Учебное пособие составлено в соответствии с учебной программой и Государственным образовательным стандартом высшего профессионального... |
| ... | | Овчарова Т. Н., Яшин В. В. Философия: учебное пособие. В 2-х ч. Часть – Н. Новгород, Типография «Принт ес», 2008. с |
| К 89 Гражданское право (Общая часть): Учебное пособие в схемах. М.: Импэ им. А. С. Грибоедова, 2001. 76 с | | Диалектический материализм. Учебное пособие. Под ред. А. П., Шептулина. М., "Высш школа", 1974., c. 328 |
| Рецептура в алгоритмах – учебное пособие для аудиторной и самостоятельной работы студентов по разделу «Общая рецептура», предназначено... | | Ткаченко Ю. Л., Резчиков Е. А., Грибков О. И безопасность жизнедеятельности. Часть I: Учебное пособие. М.: Миит, 2005. 256 с |
| Ткаченко Ю. Л., Резчиков Е. А., Грибков О. И безопасность жизнедеятельности. Часть 2: Учебное пособие. М.: Миит, 2005. 248 с | | Отечественная история. Часть II: Учебное пособие / В. В. Галыга, Л. А. Андреева, С. В. Булгаков, А. И. Донцова, Е. А. Нургазизова,... |